软件介绍:
MUSCLE(MultipleProteinSequenceAlignment)。它是一款非常简单好用的软件,muscle也是肌肉的意思,也寓意此款软件功能强劲有力。
muscle是在年公布的一款蛋白质水平多序列比对的开源软件,在速度和精度上都优于ClustalW。比对速度快。因此在进行多序列比对的时候,大多数情况下可以优先使用Muscle。例如Mega等软件里面也集成了muscle的多序列比对。
Muscle同样可以用于DNA的多序列的比对。使用起来十分方便,大多数情况下用户只需要指定输入输出文件即可。它是适合于多序列比对,多个序列之间具有同源关系,并且具有同一方向,muscle需要对序列进行拉伸,例如适合同一个或多个看家基因、16s等放在一起比对。我们同样也可以将多样品的SNP结果连接起来进行多序列比对,做系统发育分析。所以对于我们使用muscle主要需要做的就是将输入文件格式化为满足muscle输入即可,主要就是fasta格式。
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