哒哒哒~~~新年刚过去了20天，我们又有项目文章见刊啦.......1月16日，由大连海洋大学和百迈客合作的“SLAF-basedhigh-densitygeneticmapconstructionandQTLmappingformajoreconomictraitsinseaurchinStrongylocentrotusintermedius”在线发表在《ScientificReports》上，具体什么事呢？图谱君这就为您解析......
海胆是海洋里一种古老的生物，与海星、海参是近亲，据科学考证，它在地球上已有上亿年的生存史。海胆生殖腺占海胆全重的8%-15%，其所含有二十碳烯酸占总脂肪酸的30%以上，可有效预防心血管疾病。本文利用SLAF测序技术，构建了高密度遗传图谱，对海胆经济性状相关QTL定位，开发分子标记，用于后续分子标记辅助育种。
1材料与方法
亲本：日本自繁的中间球海胆二代雄性个体(♂)；中国旅顺龙王塘繁育五代以上的雌性个体(♀)
作图群体：个F1个体
测序：IlluminaHiSeqSLAF测序
构图软件：HighMap
QTL定位：MapQTLV5.0
SNP标记检测：高分辨熔解曲线（HRM）
2结果与分析
研究结果：
1.SLAF测序与基因分型
选择RsaI和HaeIII酶对基因组DNA酶切，构建SLAF测序文库。Illumina测序总计得到.05M数据，Q30达到89.03％，GC含量为37.39％。2个亲本各分别得到和条reads，F1后代平均产生条reads。
生物信息学分析，父本产生个SLAF标签，母本产生个SLAF标签，平均深度分别为32.62×和20.53×。对于F1作图群体，每个个体平均产生个SLAF标签，平均深度为8.80×。其中个多态性SLAF标签用于基因分型（图1）。除aa×bb类个SLAF标记被用于图谱构建，适合F1群体的后期连锁图谱构建，有效多态性率为7.99％。
图1标记分型2.图谱构建
经过滤，得到可用于作图的SLAF标签个，通过两两标签间计算重组率和MLOD值，根据MLOD值将标签分为21个连锁群，最终确定上图标记共个，雄性图谱全长.10cM，共个标记，平均图距3.24cM。雌性图谱全长.39cM，共个标记，平均图距为1.03cM。整合图谱全长.21cM，平均图距为0.44cM（图2）。上图率为93.78%，上图标签偏分离比例2.52%。
图2图谱信息3.QTL定位
在已构建的中间球海胆高密度遗传图谱基础上，结合中间球海胆21个连锁群的图谱和分型数据以及性状表型值进行性状关联分析。采用MapQTL5.0软件的区间作图（IM）算法分别定位中间球海胆生长性状（壳径、壳高、体重、口器重、性腺湿重、干性腺率、亮黄色差、亮橙黄色差）相关的QTL。共鉴定出33个QTL位点，分别位于13个不同的连锁群。（LG1，LG2，LG3，LG4，LG5，LG6，LG7，LG10，LG12，LG14，LG15，LG17和LG20）。在LG6上，只检测到壳高相关的QTL，可解释17.80％的表型变异。口器重量QTL位于五个不同的LGs（LG1，LG2，LG3，LG7和LG17），最大的表型变异率解释达到18.60％。壳径相关QTL位于LG6，LG7，LG10，LG12，LG15和LG20，最大可解释18.10％的表型变异率。同样，在LG15上检测到体重和性腺湿重主效的QTL，分别解释了20.4％和37.2％的表型变异。所有的QTL都表明，LG15定位的频率最多，对表型的贡献率都很大，说明LG15存在控制中间球海胆生长性状的主效QTL位点，为后期研究的重点。
图3QTL定位4.HRM分析
HRM是一种快速，高通量和有效的鉴定SNP的方法。本文利用HRM技术对3个与生长性状相关的SNP标记在另外3个家系总共90个个体的分型结果进行遗传与多样性评估，发现SNP-29（marker）可较好分型，且壳高、壳径、活体重性状的贡献率均比较大，说明SNP-29与生长相关的性状基因连锁强度较大，因此后期可含有SNP-29标记的优势基因型应用于海胆高产分子标记辅助育种。
图4HRM验证总结
文章到这里就结束了，总结一下：作者利用SLAF测序技术，构建了一个含有21个连锁群（LG），拥有个多态性特异性扩增片段（SLAF）的高密度遗传图谱。基于这个遗传图和表型数据，对8个经济性状进行基因定位。共鉴定出33个潜在的QTL位点，可以解释9.90％--46.30％的表型变异率。且开发了多态性SNP标记，用于后期标记辅助育种。
关于后期，SNP标记应用于后期标记辅助育种的检测手段，图谱君还要唠叨下，除了HRM，还有KASP哦，它是竞争性等位基因特异性PCR，基于引物末端碱基的特异匹配，在广泛的基因组DNA样品中（甚至是一些复杂基因组的DNA样品），来对SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断，从而进行基因分型。可应用于QTL精细定位（定位区间内位点的验证，进一步缩小区间范围）、种子质量控制、大样本量的分子标记验证、分子辅助育种、种子资源鉴定等工作，可以在短时间内准确判断分子标记类型。。。。。。。
参考文献
YaqingC,JunD,Yuhui,etal.SLAF-basedhigh-densitygeneticmapconstructionandQTLmappingformajoreconomictraitsinseaurchinStrongylocentrotusintermediu[J].ScientificReports,
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