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String
蛋白互作网络
String是一个已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于个物种,包含万种蛋白和万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。
下面简单说明一下操作。
在主页面上,可有多种方式进行搜索:
下面我们来举个例子,检索后会出现一幅图,图中每个节点表示一个蛋白,默认情况下节点的颜色分成红色和白色,红色代表是查询蛋白,白色代表与查询蛋白具有相互作用关系的其他蛋白。由于白色不太好看,string会根据与相互作用的score值对颜色进行映射。
在Legend页面,可以看到每个蛋白的颜色和对应的score值,示意图如下:
点击圆圈节点就可以显示该蛋白的具体信息,如下图:
在Analysis页面,对于蛋白质相互作用网络中的基因,提供了GO和KEGG富集分析的结果,如图:
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