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提及PCR，这可是实验室里的老朋友了。作为科研升级打怪之路上的第一道最基本关卡，初踏进科研界的实验狗们，又有哪个没有与之打过交道？可饶是如此，不少菜鸟在闯关时仍会被摔的鼻青脸肿，原因无他，引物设计不好之过矣。
显然，欲过此关，则必先通过引物设计的试炼。好在网上流传着各类PCR引物设计软件，各显神通后可快速为大家设计出最佳引物，以助大家一臂之力。而本文也搜集一箩筐各具特点的引物设计软件，大家按自己的需要进行选择即可。
经典款
1.PrimerPremier
Premier是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件，应该是使用范围最广的一款软件了。主要界面有序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和Motif分析窗口。
PrimerPremier软件的主要功能分四种，即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA基元(motif)查找和同源性分析功能。前三种为其主要功能。
此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计简并引物，另外还有序列"朗读"、DNA与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。（文章链接：PrimerPremier6安装、破解、引物设计实操攻略）
2.Oligo7
该软件主要应用于核酸序列引物分析设计，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列。作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，其主要功能包括：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。（文章链接：干货
Oligo设计引物，就是这么简单）
3.BeaconDesigner
BeaconDesigner是一款功能强大且简单易用的Real-timePCR引物设计的必备武器。它可在目的基因的任意位置中定位引物，比如跨内显子-内显子或外显子-外显子设计引物，适用于SYBRGreen试验设计。此外，它可用于HRMA试验设计、双标签探针设计（如TaqMan?探针、分子信标、Scorpions引物和探针、FRET探针）。
在线款
1.NCBI的Primer-Blast
通常用另一个站点或工具设计好引物后，还得用BLAST进行引物特异性验证。但这个工具整合了目前流行的Primer3软件，同时也能通过NCBI的Blast进行引物特异性的验证，比较快捷方便。
且该工具还可针对某一特定剪接变异体基因来设计引物——这是用来衡量基因在特定组织中特异性表达的重要特征。此外，Primer-BLAST有许多改进的功能，比单个的用Primer3和NCBIBLAST更加准确。
Primer-Blast的界面包括4个部分：PCRTemplate（模板区），PrimerParameters（引物区），Exon/intronSelection（外显子内含子设置）和specificitycheck（特异性验证区）。
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