从早期序列比对工具Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal算法，以及近几年的Muscle、MAFFT序列比对算法。算法在向更快、更精确、能处理更多数据这些方向进行缓慢而有力的发展。常用的在线序列比对工具主要由EMBL-EBI提供，包括但不限于Needle,Water,ClustalOmega,Muscle,Mafft,T-coffee等，以及NCBI提供的blast2seq工具；常用的序列相似性搜索工具有NCBI提供的BLAST、UCSC提供的BLAT等。EMBL-EBI与NCBI同时期也开发了一套序列相似性搜索工具FASTA，然后最终没能流行起来。BLAST一家独大，BLAT依赖UCSC占据一点小市场，FASTA的亲爹同时提供了FASTA及BLAST服务，可能现在说FASTA人们只会想到FASTA文件格式吧。EMBL-EBI提供大量的对比工具在线服务，并不代表其拥有这些工具的所有权。
按工具功能大致可以分为3类：配对序列比对工具，多序列比对工具以及序列相似性搜索工具。
配对序列比对是用来研究两条序列（核酸序列或者蛋白序列）之间功能、结构或者进化关系。
多序列比对工具当然也支持配对序列比对，不过更多的是用来比对3条及以上序列，研究序列之间是否同源以及序列间的进化关系。
序列相似性搜索工具主要是在一个序列数据库中查找一条序列，找出与查询序列最相似的序列。
配对序列比对工具
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