1、EndNote
第一个开发出来的文献管理软件，持续有更新版本推出。支持的参考文献格式十分多样，论文写作时也会有一些期刊的模板
优点
EndNote支持国际期刊的参考文献格式有种+，写作模板几百种，涵盖各领域杂志。EndNote能直接连接上千个数据库，并提供通用的检索方式，提高了科技文献的检索效率。EndNote能管理的数据库没有上限，至少能管理数十万条参考文献。EndNote快捷工具嵌入到Word编辑器中，你可以很方便地边书写论文边插入参考文献，书写过程中不用担心插入的参考文献会发生格式错误或连接错误。EndNote的系统资源占用小，很少发生因EndNote数据库过大发生计算机死机现象，这是EndNote最重要的特色之一。国外数据库下载数据时，均支持EndNote，即使检索的机器上没有安装EndNote，照样方便使用。EndNote有很强的功能扩展，如果默认安装的EndNote不能满足你的要求，你能很方便地扩展其功能而不需要专业的编程知识。
缺点
文件名最大只支持40个字符，有时候文献的标题比较长时，就不能以文献全名命名导入中文文献时会出现一些问题
2、Mendeley
一款免费的跨平台文献管理软件，同时也是一个在线的学术社交网络平台。可一键抓取网页上的文献信息添加到个人的library中。还可安装MSWord和OpenOffice插件，方便在文字编辑器中插入和管理参考文献。
优点
免费，提供MSWord和OpenOffice插件，方便在写论文时插入和管理文献;它提供2G的文献存储空间，对研究生使用绰绰有余支持拖拽PDF文件或文件夹到软件中文件重命名无字符限制免费的Tag功能，可批量管理文献
缺点
不能自定义文献类型，有时候我们在文献管理和参考文献插入时，需要调整格式时就很麻烦偶尔出现卡顿和闪退的现象。
3、NoteExpress
一款收费软件，可以下载免费的图书馆版，具备文献信息检索与下载功能，可以用来管理参考文献的题录，以附件方式管理参考文献全文或者任何格式的文件。数据挖掘的功能可以帮助研究生快速了解某研究方向的最新进展，各方观点等。
优点
全中文界面，容易学习入门
支持在同一个参考文献数据库中建立目录,按照目录管理参考文献
笔记功能也比较强大，可以对参考文献做笔记，并分类管理
NoteExpress支持输入、输出Bibtex格式的参考文献数据
支持中文文献的管理
缺点
数据库功能没有EndNote强大，另外也不会有写作模板提供。
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