编者按
常规做RDA、CCA分析一般使用CANOCO软件或者R语言的Vegan包去做分析,前者太贵,后者复杂,肿么办?
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RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,属于限制性排序,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。
RDA基于线性模型,CCA则是基于单峰模型。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系,可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。
RDA或CCA模型的选择原则:先用SpeciesTable数据做DCA分析,看分析结果中AxisLengthsofgradient的轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可,如果小于3.0,RDA的结果要好于CCA。
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1.数据准备
需要的数据有物种的丰度数据、环境因子数据和分组信息数据,数据格式介绍如下:
1.物种相对丰度文件
物种相对丰度文件(tab分割文件)为必填参数。第一行为样本分析名,第一列为物种名,数值为物种在样本中的相对丰度。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
2.环境因子数据文件
环境因子数据文件(tab分割文件)为选填参数。第一行为样本分析名,第一列为环境因子信息名。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
3.样本分组信息文件
样本分组信息文件(tab分割文件)为选填参数。第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称(请注意表头Group大小写问题)。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
注:
1.输入的环境因子个数必须大于等于2,并且小于样本个数。
2.物种样本名称、环境因子样本名字和分组信息中样本名一定要保证一致。
2小工具网页操作说明
点击提交稍等一下下后出结果哦,可以下载png与pdf格式图片~
就是这么简单,再也不用担心做不出RDA/CCA图啦!!
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