基因组学研究（结构基因组学、比较基因组学以及功能基因组学）是目前生物科学研究最广泛的领域之一。结构基因组学是以得到高质量基因组为目标；功能基因组学是以鉴定基因组中的分子功能及通路为目标；而比较基因组学一般是指对一个物种的多个个体基因组（群体）或多个物种基因组的综合分析。
在杨焕明院士编著的《基因组学》中提到，“严格来说，任何类型的基因组分析都是以‘比较’为基础的。即使是一个单个二倍体基因组的概貌分析，也需要将两条染色体的DNA序列进行比较（如杂合度等检测），也必须与所有DNA序列数据进行比对分析，也就是比较分析”。我根据自己的理解，将比较基因组学的研究内容列举如下。主要分为种间和种内（当然其中一些分析也有同时适用于两种情况的，比如WGD、基因流等）：
比较基因组学相关的分析内容有很多，其中有一些也是基因组文章的标配。后面我会陆续推出各个分析的原理及相关的软件流程。本期主要介绍一个非常实用的在线工具OrthoVenn2。在开始之前先聊一下基因家族。
基因家族鉴定是进化分析很重要的一个方面。基因家族是指来自诸多物种的MRCA(最近共同祖先，MostRecentCommonAncestor)的同一个始祖基因演化而来的一组基因，即来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复和物种分化产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因。它们大多是分散在不同的染色体或者同一染色体的不同位置上，具有相似的结构域和功能。
提到基因家族就不得不提同源基因。在20世纪70年代，美国UCI的WalterFitch根据演化过程把同源分为直系同源（Orthology）和旁系同源（Paralogy）。直系同源基因是一个来自MRCA的基因通过物种趋异事件而形成的同源基因（一般指不同物种间的基因）；旁系同源基因是一组来自基因复制事件的同源基因（一般存在于一个物种基因组内）。
有人根据复制事件与物种分化事件发生的先后关系，又提出了inparalog和outparalog的概念，在物种分化后发生复制事件产生的基因称为inparalog，而复制事件在分化之前，则称为outparalog。定义无所谓，我们只要心中明白同源基因产生的具体途径就可以了。
现在可以通过很多方法实现基因家族的聚类。其中包括常用的OrthoFinder2、OrthoMCL（适用于有生信基础的，以后会详细介绍）。
本期的主角OrthoVenn2适用于所有想做比较基因组学分析的人，包括没有生信基础的。在线网址如下：
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